给菌袋打孔，需注意打孔时间、位置、大小数量等方面。
打孔时间：栽培后3-5天打孔，并根据具体情况合理调整，如，当菇房的湿度较大、空间不严且污染几率较高时，可适当推迟打孔时间。
打孔位置：在菌种层上或菌丝延伸处打孔，不可随意打孔。
大小数量：可用大头针打孔，每袋围绕发菌层打7-10个孔/次，随着菌丝的发育延伸，每隔5-7天继续打孔，整个发菌期打孔3次。
一、菌袋打孔有哪些注意事项
1、菌袋打孔的时间
通常应在栽培后3-5天进行。当菌丝变白萌发，并开始向培养料延伸时打孔。如打孔过早，菌丝还未萌动，容易感染杂菌；打孔过迟，菌丝在发育期缺氧，会影响菌丝生长。
2、菌袋打孔的部位
选择打孔位置时应严格控制在菌种层上或菌丝延伸处，尤其是菌种用量少、菌丝延伸慢时，更不可在菌袋上到处乱打孔，以免引起杂菌污染和虫害。
3、菌袋打孔的大小和数量
打孔通常用大头针即可（在筷子或木片上绑2-3根针），每次每袋围绕发菌层打7-10个孔，然后随菌丝发育延伸，每隔5-7天继续打孔。整个发菌期打3次孔即可。
4、菌袋打孔要灵活
菇房（或出菇场）湿度较大、空间不严、污染几率较高时，可以推迟打孔，也可以不打孔。培养料颗粒较小、含水量偏高时，可适当提前打孔，并增加打孔数量；培养料颗粒较大、含水量偏低时，可以晚打孔；菌种老化，菌丝长势弱，生长慢，应晚打孔。
二、食用菌袋怎么通气
1、通气塞法
（1）以麦秆、棉绒、葵花秆、玉米芯等为材料，扎于菌袋的两头即成通气塞。
（2）需注意的是，麦秆和葵花秆要截成3厘米长的小段；棉绒要折叠成一端平整一端有毛茬的棉柱；玉米芯要粉碎成豆粒大小后用报纸包成团。
（3）塞子的大小要视菌袋大小而定，大袋用大塞，小袋用小塞；还要看发菌温度，发菌温度低时塞可小些，反之应大些。
2、套环法
可购买喇叭口环，套住菌袋后加棉塞，如买不到喇叭口环，也可用塑料打包带自制（截成段，用烙铁焊成环），外用牛皮纸加橡皮筋封口。注意套环要套牢固，防落。
3、通气孔法
（1）用缝纫机针在距离袋口6厘米处各扎一排孔，孔距约1厘米。在装料时将菌种播在扎孔处即可。
（2）扎孔不能过多，并注意在扎孔时不要操作菌袋，否则菌袋在装料过程中易开裂。
4、通气洞法
用一根拇指粗的锥形木棒，在装好料袋两头呈三角形打3个6厘米深的洞，再在中间播种处横打一个洞，将菌袋置入经的室内发菌。打洞动作要轻，不可用力过猛。
