水稻穗上有黑粒可能是稻粒黑粉病，可通过以下方式积极防治。
播种前使用药剂，如甲基硫菌灵、石灰水等浸种或拌种。
在水稻破口期和盛花期时，使用药剂，如双苯三唑醇、灭病威胶悬剂等喷雾。
增施腐熟有机肥和磷钾肥，避免偏施氮肥。
及时排水晒田，实行间歇灌溉技术。
选择闭颖的水稻品种种植。
一、水稻穗上为什么有黑粒
水稻穗上有黑粒有可能是稻粒黑粉病，防治方式如下：
1、播种之前，使用70％甲基硫菌灵500倍液或1％石灰水浸种24小时左右，或者是使用强氯精300-500倍液或50％多菌灵800倍液浸种12小时左右，或者是使用0.25%戊唑醇悬浮剂进行拌种，用量为种子重量的2%左右。
2、每亩地使用75ml的30%双苯三唑醇，或200ml的40%灭病威胶悬剂，或50g的25%三唑酮可湿性粉剂兑水50kg稀释，在水稻破口期和盛花期的时候，分别喷雾一次（扬花的时候不宜用药）。
3、增施腐熟有机肥以及磷钾肥，防止偏施氮肥。
4、及时排水晒田，增加水稻的抗病能力。后期时，注意水肥管理，实行“浅-湿-干”间歇灌溉技术。
5、选择闭颖的水稻品种进行种植，可以有效降低该病的发生概率。
二、水稻穗发芽原因以及怎么预防
1、穗发芽危害
（1）穗发芽会影响到水稻的品质和产量，通常会减少10%，而且还会影响到谷粒的价格，另外穗发芽时体重会上升，造成稻穗头重脚轻后倒伏，加重倒伏现象。
（2）在阴雨多湿环境下，还极易诱发稻瘟病，导致再次减产，收割时谷粒易脱落，损失率达10%以上，综合这些，一旦水稻发生穗发芽现象，可能会减产30%以上。
2、品种原因
（1）水稻穗发芽和它的品种休眠性息息相关，有些品种的休眠期短，极易发生发芽，而休眠期的品种就不易发生发芽现象。
（2）另外种皮较薄的品种极易吸水发芽，而种皮较厚的品种不易吸水，所以不易发芽。
（3）预防方法是在种植时要因地制宜，选择高产、抗逆性强、品质高、休眠期长的水稻品种，能极大的减少穗发芽现象。
3、天气原因
（1）在水稻快成熟时，如果遇连续的阴雨天气，会使得水稻的吸水率达24%以上，就会满足其发芽条件，如果这时的温度超过18度，它就会开始发芽，温度越高发芽越快。
（2）预防方法是根据往年的气候变化，合理的安排水稻的播种时，使得水稻抽穗杨花和成熟期避开雨季，减少穗发芽现象。
（3）当环境符合穗发芽的条件条件时，在雨后要及时排水，以免穗被水浸泡，防止后期发芽。在成熟期时遇上阴雨天气，要加强巡查，发现穗发芽的田块，应该在85%谷粒成熟时提前采收，减少发芽。
4、管理不当
（1）部分农户子水稻灌浆期时长期进行灌溉，使得田间的含水量高，湿度较大，导致谷粒灌浆过满，在雨季时不易干，继续吸水膨胀就会极易发芽。
（2）预防方法是对于水分管理，要浅水分蘖，中期适时适度晒田，以免水稻倒伏，在抽穗和灌浆期时，保持土壤湿润即可，不宜加深水位，以免水稻吸水过多。
