1、有机肥富含有机质，可提高土壤肥力，而复合肥只能提供无机养分，长期使用后会导致土壤板结。
2、有机肥营养成分较为均衡，而复合肥营养成分相较于有机肥偏单一。
3、有机肥养分含量低，需大量施用，而复合肥养分含量高，施用量较少。
4、有机肥肥效期长，复合肥肥效期短。
5、有机肥可提高作物的抗逆、抗病虫害能力，而复合肥会降低植物的免疫能力。
一、有机肥和复合肥的区别
1、有机肥含有大量的有机质，可以用来提高土壤肥力，而复合肥只能提供无机养分。长期施用会对土壤造成不利影响。
2、有机肥含有多种营养成分。有机肥中的营养成分完全平衡。化肥中含有的营养物质种类单一。长期施用易造成作物养分失衡。
3、有机肥养分含量低，需要大量施用，而复合肥养分含量高，施用量少。
4、有机肥肥效期长，复合肥肥效期短而猛，易造成养分流失，污染环境。
5、长期施用有机肥可以提高农产品质量。复合肥施用不当会降低农产品质量。
6、有机肥经过彻底分解后，可以提高作物的抗旱、抗病和抗虫能力。施用复合肥会降低植物的免疫力，并且经常需要大量的化学农药来维持作物的生长。这将导致农产品中有害物质的增加。
二、有机肥和复合肥能一起施肥吗
1、有机肥可以和复合肥一起施用，但是有可能会影响到肥效。
2、因为复合肥是一种碱性肥料，与有机肥混合后会抑制有机肥里面的微生物的繁殖。
3、有机肥通常被称为农家肥，它主要是用各种动物、植物的残体或代谢物组成的，如家畜的粪便、作物的秸秆、屠宰场中的废弃物等。
